عوامل قارچی به‌خصوص مخمرها به‌صورت فلور میکروبی در دستگاه گوارش ساکن هستند و آنها می‌توانند به مجرای مخاطی حیوانات دارای شرایط مستعدکننده تهاجم برند. شیوع فلور قارچی مقیم دستگاه گوارش مرغهای گوشتی و تخمگذار سالم در طی آوریل تا سپتامبر 2008 بررسی شد. نمونه ها از محتویات پیش معده، ژوژنوم و سکوم 120 پرنده برداشت شده و در محیط سابورو گلوکز آگار کشت داده شدند. قارچهای رشته‌ای و مخمری جدا شدند، برجسته ترین آنها گونه های کاندیدا و سپس ترایکوسپورون بژلی، ژئوتریکوم کاندیدوم، رودوتورولا روبرا و ساکارومیسس سرویسیه بوده که به ترتیب از 6/84 درصد، 5/5 درصد، 6/4 درصد، 3/3 درصد و 5/0 درصد از محیط های کشت یافت شده اند. میان جدایه های مخمری، کاندیدا آلبیکنس (8/45 درصد) شایعترین عامل قارچی بوده که ارزش معنی داری را در مقایسه با سایر جدایه های قارچی (P<0.05) نشان داد. فراوانی مخمر در دستگاه گوارش طیور تخمگدار به طور معنی داری بیشتر از گوشتی ها بود (P<0.05). همچنین ارزیابی قارچ شناسی نشان از بیشترین تعداد مخمر در سکوم و به میزان کمتر در ژوژنوم و پیش معده در 2 نژاد بود.
)