Analysis of polymorphism of MHC class II BuLA DRB3 exon 2 gene in North West Iranian populations of the Water buffalo (Bubalus bubalis) through PCR-SSCP

Authors

Abstract

The DRB3 gene is a highly polymorphic major histocompatibility complex (MHC) class II gene and plays an important role in variability of immune responsiveness and disease resistance. In the present study, the MHC class II DRB3 gene in water buffalo (Bubalus bubalis) populations from Northwest regions of Iran was investigated through PCR-SSCP. Genomic DNA was extracted from whole blood samples collected from 50 buffaloes. A 284 bp segment of exon 2 of BuLa-DRB3 was amplified by standard PCR, using locus-specific primers. The PCR products were subjected to a non-denaturing gel electrophoresis. A number of 11 different SSCP patterns indicating allelic variation were identified. The three most frequent patterns 1, 4 and 10 accounted for 58% of the total patterns. Results indicated that exon 2 of the BuLA-DRB3 gene is highly polymorphic among the examined animals.

Keywords


Article Title [فارسی]

چند شکلی اگزون 2 ژن Bula-DRB3 گروهII ژنهای کمپلکس اصلی سازگاری بافت در گاومیشهای آبی شمال غرب ایران

Authors [فارسی]

  • رسول شیخ محمدی
  • علی هاشمی
  • کریم مردانی
Abstract [فارسی]

ژن DRB3 از ژنهای بسیار پلی مورفیک گروه II ژنهای کمپلکس اصلی سازگاری بافتی (MHC) می باشد که در تنوع پاسخ ایمنی و مقاومت در برابر بیماری نقش دارد. در مطالعه حاضر ژن Bula-DRB3 از ژنهای گروه II MHC در گاومیشهای آبی شمال غرب ایران با استفاده از تکنیک واکنش زنجیره ای پلی مراز و چند شکلی فضایی رشته منفرد (PCR-SSCP) مورد مطالعه قرار گرفت. DNA ژنومی از نمونه های خون کامل تعداد 50 گاومیش استخراج گردید. قطعه ای به طول 284 جفت باز از ناحیه اگزون 2 ژن Bula-DRB3با استفاده از پرایمرهای اختصاصی لوکوس تکثیر گردید. محصولات PCR بر روی ژل غیر دناچوره کننده الکتروفورز گردیدند. تعداد 11 الگوی متفاوت SSCP که بیانگر تنوع آللی در جایگاه ژنی مورد مطالعه بود شناسایی شدند. الگوهای 1، 4 و 10 با داشتن بیشترین فراوانی 58% از کل الگوهای شناسایی شده را تشکیل دادند. نتایج نشان داد که اگزون 2 ژن Bula-DRB3 در گاومیشهای مطالعه شده بسیار پلی مورفیک می باشد.