Genetic and phylogenetic analysis of the ribonucleoprotein complex genes of H9N2 avian influenza viruses isolated from commercial poultry in Iran

Authors

1 Department of Poultry Diseases, Faculty of Veterinary Medicine, University of Tehran, Tehran, Iran

2 School of Animal and Veterinary Sciences, University of Adelaide, Adelaide, South Australia, Australia

Abstract

BACKGROUND: The H9N2 subtype of avian influenza
viruses (AIVs) has been isolated in multiple avian species in
many European, Asian, African and American countries. Since
the first outbreak of H9N2 virus in Iran in 1998, this virus has
widely circulated throughout the country, resulting in major
economic losses in chicken flocks. Several amino acids in the
virus ribonucleoprotein (RNP) complex including the nucleoprotein
(NP) and polymerase (PB2, PB1 and PA) proteins are
associated with host range and virulence. OBJECTIVES: Our aim
was to understand the molecular characterization of RNP
complex proteins of Iranian H9N2 subtype isolates. METHODS:
The full length nucleotide sequences of RNP complex genes of
two strains designated as Ck/IR/ZMT-101/98 and Ck/IR/EBGV-
88/10 were amplified and sequenced. RESULTS: The phylogenetic
analysis revealed that both strains were located in
different sub-lineages. However, based on the genetic similarities,
PB1, PAand NP genes of Ck/IR/EBGV-88/10 strain had a
close relationship with a H7N3 subtype strain, isolated from
Pakistan. Most positions of RNP proteins contained amino acids
typical of avian determinants of host range. The results showed
that the Iranian RNP complex genes have undergone genetic
reassortment. CONCLUSIONS: Continuous AIV monitoring in
poultry industry would help to obtain more information about
genetic variation of H9N2 viruses and possible emergence of
virulent and/or pandemic viruses.

Keywords


Article Title [فارسی]

آنالیز ژنتیک و فیلوژنتیک ژن های ریبونوکلئوپروتئین ویروس های ‌2N9H آنفلوانزای پرندگان جدا شده از طیور تجاری در ایران

Authors [فارسی]

  • محسن بشاشتی 1
  • مهدی وصفی مرندی 1
  • محمد حسن بزرگمهری فرد 1
  • فرهید همت زاده 2
  • فرشته صبوری 1
1 گروه بیماری های طیور، دانشکده دامپزشکی دانشگاه تهران
2 دانشکده دامپزشکی و علوم دامی، دانشگاه آدلاید، آدلاید، استرالیا
Abstract [فارسی]

زمینه مطالعه: تحت تیپ ‌2N9H‌ ویروس‌های آنفلوانزای پرندگان ‌(AIVs)‌ از گونه‌های مختلف پرندگان در اکثر کشور‌های اروپایی، آسیایی، آفریقایی و آمریکایی جدا شده است. پس از اولین شیوع ویروس ‌2N9H‌ در سال 1998 در ایران، این ویروس به طور گسترده در تمام کشـور گستـرش یـافتـه اسـت و مـوجـب ضـررهـای بـزرگ اقتصـادی در گلـه‌های طیور گردیده است. اسیدهای آمینه متعددی در کمپلکس ریبونوکلئوپروتئین ‌(RNP)‌ که شامل پروتئین‌های ‌NP‌ و پلیمرازی(2PB‌، ‌1PB‌ و )PAاست، مرتبط با طیف میزبانی و حدت می‌باشند. هدف: هدف ما در این مطالعه، تعیین هویت مولکولی کمپلکس ‌RNP‌ در جدایه های ایرانی تحت تیپ‌ 2N9H‌ می‌باشد. روش کار: تمام طـول تـوالی نوکلئوتیدی کمپلکس RNP‌ دو سویه به عنوان ‌98/101Ck/IR/ZMT-‌ و ‌10/88Ck/IR/EBGV-‌ تکثیر و توالی یابی گـردید. نتایج: آنالیز فیلوژنتیک نشان داد که هر دو سویه در زیر دسته‌های مختلف قرار می‌گیرند. براساس شباهت‌های ژنتیکی، ژن‌های ‌1PB‌، ‌PA‌ و ‌NP‌ سویه ‌10/88Ck/IR/EBGV-‌ ارتباط نزدیکی با یک تحت ‌3N7H‌ جدا شده از پاکستان داشت. اکثر جایگاه‌های دامنه میزبانی دارای اسید آمینه مرتبط با تعیین کننده‌های پرندگان در پروتئین ‌RNP‌ بود. نتیجه گیری نهایی:‌ ‌براساس این نتایج، ژن‌های RNP‌ ایـران دچـار بـازآرایـی ژنتیکی شده‌اند. پایش مداوم ‌AIV‌ در صنایع طیور به منظور بدست آوردن اطلاعات بیشتر در رابطه با تنوع ژنتیکی ویروس‌های ‌2N9H‌ و ظهور احتمالی ویروس‌های حاد و یا پندمی کمک کننده می‌باشد. 

Keywords [فارسی]

  • ویروس آنفلوانزای طیور
  • ‌2N9H
  • ریبونوکلئوپروتئین
  • طیور